A partir d'une des 3 fonts de base proposées, les utilisateurs peuvent réaliser leur typo en modifiant plus de 30 curseurs (épaisseur, empattement, hauteur des capitales…). Une fois la personnalisation terminée, on peut exporter son projet au format .otf afin de l'utiliser dans n'importe quel logiciel ou le retoucher dans un éditeur de police de caractère.

Prototypo dispose également d'une extension Chrome permettant aux utilisateurs de prévisualiser leur font sur n'importe quel site et de voir leurs modifications en direct.